Některé zesilovače jsou umístěny upstream od promotoru, zatímco jiné jsou downstream, takže účinek izolátoru nezávisí na jeho relativní poloze vůči promotoru. Proto důvod směrovosti izolačního účinku není dosud zcela objasněn. Bylo zjištěno, že dva lokusy ovlivňují funkci izolátoru prostřednictvím trans-aktivace. Gen S2J(Hw) kóduje nukleoprotein, který rozpoznává izolátory; izolant uplatňuje svůj izolační účinek až po navázání na něj.
Když je tento gen mutován, ačkoliv je do lokusu y vložen izolátor, izolační účinek se ztrácí a y je exprimován ve všech tkáních. Druhý lokus je mod(mdg 4) a mutace v tomto genu mají opačný účinek než Su(Hw); všechny tyto mutanty zesilují izolační účinek, takže izolační účinek izolátoru již není směrový, ale rozšířený, čímž blokují účinky upstream a downstream enhancerů. Jedním z vysvětlení je, že Su(Hw) se nejprve váže na DNA izolantu, což způsobí, že izolant uplatní svůj izolační účinek. Když se mod(mdg4) zkombinuje se Su(Hw), izolant ztratí svůj izolační účinek; když se mod(mdg4) prudce změní, nemůže se spojit se Su(Hw), takže izolant znovu získá své izolační vlastnosti.
